n Genealogia genetyczna: Zdrowie
Pokazywanie postów oznaczonych etykietą Zdrowie. Pokaż wszystkie posty
Pokazywanie postów oznaczonych etykietą Zdrowie. Pokaż wszystkie posty
Badamy najstarsze pokolenia. Przedwcześnie urwane gałęzie. Niszczymy genealogiczne ślepe zaułki mapami chromosomów. Nie poddajemy się w genealogii genetycznej i kopiemy tak długo i głęboko, jak to tylko konieczne, by rozwiązać rodzinne zagadki. Czy jednak w międzyczasie nasz DNA może przyczynić się do zmiany nawyków?

Moja praca badawcza na Uniwersytecie Edynburskim skupia się w dużej mierze na genetyce upodobań smakowych, stąd też bardziej marchewkowy charakter dzisiejszego artykułu. Jeśli istnieje jedna istotna zmiana, którą możemy wprowadzić do naszego życia, to jest nią bez wątpienia dieta.

Przyjrzyjmy się chromosomowi 8. Megazasada 81. Znajdziemy tam gen BCO1, który koduje oksygenazę beta-karotenu. Ten enzym jest odpowiedzialny za rozpoczęcie przekształcanie beta-karotenu w witaminę A.



W typowej diecie zachodniej głównymi źródłami witaminy A są produkty pochodzenia zwierzęcego: ser, jaja, ryby, mleko, jogurty czy wątróbki. Rośliny nie zawierają witaminy A, ale wiele z nich jest bogatych w beta-karoten, który ludzki organizm może przekształcić w witaminę A. Niedobór witaminy A ma poważne konsekwencje zdrowotne, takie jak bezpłodność, ślepota zmierzchowa, opóźniony rozwój u dzieci, infekcje klatki piersiowej, upośledzone gojenie się ran czy trądzik. Ponieważ witamina A jest rozpuszczalna w tłuszczach, może zostać przedawkowana, co prowadzi do osłabienia i możliwych złamań kości.

To jak dobrze nasz organizm przekształca beta-karoten w witaminę A, zależy w dużej mierze od genów, które otrzymaliśmy po naszych rodzicach. Istnieją dwa główne warianty genu BCO1, które mają wpływ na konwersję: R267S (rs12934922) i A379V (rs7501331) – oba są niesynonimicznymi mutacjami.

Osoby, które są nosicielami przynajmniej jednego allelu T w każdym z tych obu PPN-ów mają obniżoną konwersję beta-karotenu do witaminy A o 69%. Nosiciele allelu T w rs7501331 mają obniżoną konwersję o 32%.

Nie jest to w żadnym wypadku mutacja rzadka - co drugi Europejczyk ma przynajmniej jeden allel T w rs7501331. Ta informacja jest szczególnie istotna dla tych z nas, którzy są na diecie wegetariańskiej lub wegańskiej, które w znacznie większym stopniu polegają na karotenoidach przy zapewnianiu zdrowego poziomu witaminy A.

Szacuje się, że żeby organizm mógł wyprodukować 1 μg witaminy, należy spożyć 12 μg beta-karotenu. Przyjmując ten wskaźnik jako wartość początkową, oznacza to, że "podwójni mutanci" musieliby spożyć aż 20 μg beta-karotenu (zamiast 12 μg), żeby wyprodukować 1 μg witaminy A, a "pojedynczy mutanci" (tylko A379V) 16 μg. Jest to jednak tylko średnia - wskaźnik dla niektórych roślin jest mniej optymistyczny, np. 28:1 dla liściastych warzyw. Zaleca się, by dorośli spożywali dziennie 700-900 μg witaminy A. Mała marchewka zawiera ok. 8 400 μg beta-karotenu, co wystarcza, by wyprodukować 700 μg witaminy A - u osób z normalną konwersją.

Szczęśliwie nie mam mutacji R267S, ale trafiła mi się A379V - tak jak około połowie Czytelników mojego blogu. Oznacza to (przyjmując 1:12 jako wskaźnik początkowy), że potrzebuję dodatkowo 2 700 μg beta-karotenu dziennie w porównaniu do osób bez żadnej z tych mutacji BCO1 (gdybym był podwójnym mutantem - R267S + A379V - potrzebowałbym dodatkowo 5 800 μg beta-karotenu dziennie.  Chociaż witamina A (w suplementach czy produktach zwierzęcych) może być przedawkowana, nie dotyczy to beta-karotenu - nie muszę więc martwić się, jedząc dodatkowe marchewki - lub suplementując beta-karoten, jeśli danego dnia nie zjadłem odpowiednio dużo marchwi, dyni lub słodkich ziemniaków.

Warto jednak zaznaczyć, że badanie, które opisało ów "fenotyp słabego przekształcacza" (Leung et al. 2008) zostało przeprowadzone dziesięć lat temu i - co nie było czymś rzadkim w tamtym czasie - miało stosunkowo niewielką liczbę badanych osób. Z tego powodu dokładne wartości procentowe związane z poszczególnymi allelami mogą być w rzeczywistości nieco niższe lub nieco wyższe. Dodatkowe badanie przyglądające się bliżej tej cesze byłoby z pewnością niezwykle ciekawe.

Beta-karoten ma również inne zalety niezwiązane bezpośrednio z witaminą A. Spożywanie odpowiedniej ilości beta-karotenu nadaje skórze złoty połysk - zostało dowiedzione, że zwiększa on atrakcyjność twarzy bardziej niż opalenizna. Badanie przez Foo et al. (2017) wykazało, że po dwunastu tygodniach codziennej suplementacji (18 000 μg beta-karotenu), średnia ocena atrakcyjności twarzy wyniosła 60,6%, a w niesuplementującej grupie placebo - 45,3%.

Gdy już zbadamy autosomalny DNA, dlaczego by nie poświęcić dwu minut, żeby sprawdzić własne mutacje w genie BCO1? Bardzo łatwo zmienić jest nawyki żywieniowe, by zapewnić odpowiedni poziom witaminy A, a jest to szczególnie ważne w dietach bezmięsnych. Warto poinformować o wynikach krewnych - być może sprawa beta-karotenu bardziej zmotywuje ich do wykonania testu DNA niż perspektywa gonienia za odcinkiem DNA po dawno zmarłej praprababce.

Jak wygląda Państwa konwersja beta-karotenu? Odpowiedź na to pytanie, jak i rozpoczęcie przygody z genealogią genetyczną, możliwe jest dzięki zbadaniu autosomalnego DNA (np. Family Finder). Żeby zbadać swój DNA, kliknij tutaj.

Artykuł nie stanowi porady medycznej - przed wprowadzeniem suplementacji zaleca się skonsultowanie z lekarzem i omówienie wyników DNA.


Pierwsza w Polsce międzynarodowa interdyscyplinarna konferencja naukowa poświęcona genealogii genetycznej "Śladami przeszłości… Genealogia genetyczna w badaniach pradziejowych i historycznych" zorganizowana przez Górnośląskie Towarzystwo Genealogiczne "Silus Radicum" oraz Muzeum "Górnośląski Park Etnograficzny w Chorzowie" odbyła się w Chorzowie 21-22 VI 2017. To wydarzenie z pewnością przejdzie do historii nie tylko jako początek szerszego dialogu między środowiskami akademickim i genealogicznym, ale również jako niezaprzeczalny dowód ciągle rosnącego zainteresowania genealogią genetyczną wśród polskich genealogów.

Tym razem opowiedziałem o DNA Żydów aszkenazyjskich oraz wykorzystaniu badań genetycznych do badania polsko-żydowskiej genealogii. Nakreśliłem różnice między poszukiwaniami genetycznych krewnych w populacji aszkenazyjskiej i słowiańskiej, które wynikają przede wszystkim z endogamii i wąskiego gardła, przez które przeszła ok. 30 pokoleń temu grupa założycieli współczesnej populacji Żydów aszkenazyjskich. Dziś wszyscy Żydzi aszkenazyjscy (a także ich - nierzadko chrześcijańscy - potomkowie) są jedną rodziną mogącą prześledzić swoje korzenie do tychże protoplastów. Ci zaś pochodzą przede wszystkim od populacji z Bliskiego Wschodu, która zmieszała się z południowymi Europejczykami. A zwłaszcza z południowymi Europejkami - chromosom Y wśród Żydów aszkenazyjskich wykazuje mniejszy genetyczny wpływ Europy niż DNA mitochondrialny. Podzieliłem się także wstępnymi wynikami dotyczących częstotliwości żydowskiego pochodzenia wśród Polaków niedeklarujących żydowskiego pochodzenia.

Prof. dr hab. Marek Figlerowicz podzielił się dotychczasowymi wynikami swojego zespołu badawczego zgłębiającego genetyczną historię naszego narodu. Przedstawił także zastanawiajace różnice między mitochondrialnym DNA mężczyzn i kobiet na cmentarzach, które mogą świadczyć o imigracji mężczyzn z północy Europy i większej genetycznej otwartości słowiańskiego społeczeństwa niż historycy uprzednio zakładali.

Dr Thomas Krahn z Berlina opowiedział o kameruńskim odkryciu haplogrupy A00, dzięki któremu udało się odkryć nowego chromosomalnego Adama, Bardzo ciekawie przedstawił problematykę mutacji krótkich powtórzeń tandemowych (ang. STR-ów) na chromosomie Y i w jaki sposób regiony pseudoautosomalne i palindromiczne mają znaczenie w badaniach genealogiczno-genetycznych.

Dr Łukasz Lubicz Łapiński ciekawie nakreślił rolę badań chromosomu Y w badaniach genealogiczno-historycznych na przykładzie szlachty mazowieckiej. Podzielił się wynikami swojej pracy badawczej, która wykazała że rody herbowe bardzo często nie wywodzą się od wspólnego męskiego protoplasty. Dr Lubicz Łapiński przedstawił również przykłady, jak badanie chromosomu Y pozwoliło potwierdzić migracje rodzin szlacheckich, a także w jaki sposób migracje te udało się odkryć przy braku pisemnych materiałów źródłowych. (na zdjęciu: zwiedzanie młyna w chorzowskim skansenie, fot. Joanna Skowron-Szalich)

Dr Łukasz Maurycy Stanaszek przedstawił wyniki swojej pracy badawczej z mikroregionu Urzecza, który znalazł się w przeszłości pod silnym genetycznym wpływem olędrów i flisaków. Pokazał, jak badania chromosomu Y są w stanie przywrócić rodom używających przezwiskowych nazwisk ich oryginalne nazwiska. Podkreślił również wagę badań niewielkich populacji mikroregionów, których genetyczna struktura często różni się znacznie od sąsiadujących obszarów.

Dr Maciej Oziembłowski przedstawił tematykę związaną z możliwym zastosowaniem wyników DNA w profilaktyce zdrowotnej. Podzielił się wykorzystaną przez niego metodą do ustalania zdrowotnego podobieństwa (na podstawie DNA) pomiędzy członkami tej samej rodziny z wykorzystaniem matryc i analizy głównych skladowych.

Dr Agnieszka Dumin-Przybyła ostrzegła przed niebezpieczenstwami czyhającymi w zakamarkach sieci, od których szanujący genealogowie trzymać powinni się z daleka, zostawiając dostatecznie sporo miejsca folklorystom, komikom i psychiatrom. Turbosłowiańskie teorie omijajmy szerokim łukiem!

Mgr Stanisław Jan Plewako podzielił się swoimi badaniami dotyczącymi rodu Plewaków herbu Pogonia i spostrzeżeniami na temat tempa mutacji w poszczególnych liniach. Podkreślił zalety pełnego sekwencjonowania chromosomu Y przy odkrywaniu tzw. prywatnych mutacji, czyli nowych mutacji zaobserwowanych dotychczas wyłącznie w jednej rodzinie.

Mgr Stanisław Chróst połączył geologię z genealogią i genetyką, przedstawiając propozycję badań na obszarze obejmującym tereny podlegające pod parafię Żyglin w województwie śląskim.

Pan Artur Martyka uporządkował i przedstawił dotychczasowe wyniki kopalnego DNA z terenów Polski - od mezolitu po epokę żelaza. Zaznaczył różnice w występowaniu haplogrup mitochodrialnych między wcześniejszymi i późniejszymi okresami, a także przedstawił stopień podobieństwa pobranych próbek do wspołczesnych populacji europejskich.

Pan Krzysztof Bulla podzielił się dotychczasowymi wynikami projektu badawczego Silesia zgłębiającego genetyczną przeszłość Ślązaków i ich przodków. Przedstawił różnice między Górnym a Dolnym Śląskiem i skutecznie zachęcił osoby o śląskim rodowodzie do zbadania swoich chromosomów.

Choć niezwiązane bezpośrednio z genealogią genetyczną lub genetyką, na uwagę zasługują także referaty dr. Piotra Szkutnika o Glancach, śląskiej rodzinie owczarzy oraz dr. Michaela Morysa-Twarowskiego o specyfice genealogii chłopów ze Śląska Cieszyńskiego.

Na koniec konferencji odbyły się warsztaty genealogiczno-genetyczne, które miałem przyjemność współprowadzić z dr. dr. Łukaszem Lubicz Łapińskim i Thomasem Krahnem. Przedstawiłem najważniejsze strategie dotyczące badań atDNA, metody kontaktowania się z krewnymi i odpowiedziałem szerzej na dwa z najczęstszych pytań dotyczących autosomalnego DNA, tj. zasięg testu i wybór właściwych krewnych do badań i mapowania chromosomów. Dr Lubicz Łapiński przestrzegł przed poleganiem na KPT-ach bez badania PPN-ów (polimorfizmow pojedynczego nukleotydu) przy badaniu chromosomu Y i zaznaczył, że nie wszystkie nowo odkryte mutacje w chromosomie Y nadają się do dalszego testowania. Dr Krahn przedstawił urządzenie niewielkich rozmiarów, które wzbudziło odwrotnie proporcjonalne zainteresowanie: MinION. To przenośny sekwencer DNA, który można podłączyć do komputera za pomocą portu USB i w czasie rzeczywistym oglądać wyniki sekwencjonowania. Choć na razie korzystanie z urządzenia jest dość kosztowne (w dużej mierze ze względu na wysoki koszt kuwety przepływowej), to jest to bardzo obiecująca zapowiedź przyszłych technologii, które przyjdzie nam niedługo wykorzystywać. (Po lewej wspólne zdjęcie z uczestnikami warsztatów)

Raz jeszcze dziękuję Panu Andrzejowi Sośnierzowi, dyrektorowi Muzeum oraz Panu Damianowi Jureczce, prezesowi Górnośląskiego Towarzystwa Genealogicznego za organizację tego ciekawego przedsięwzięcia. Wiem, że wiele osób już niecierpliwie wyczekuje kolejnych konferencji poświęconych genealogii genetycznej.

Żeby zamówić test DNA i dołączyć do grona genealogów wykorzystujących w swoich badaniach rodzinne geny, proszę kliknąć tutaj.
Bardzo często otrzymuję od szanownych Czytelników listy z pytaniem, czy mogę polecić jakąś polską firmę zajmującą się badaniem DNA. Chociaż wspomniałem krótko o polskich firmach w artykułach "Zbadaj DNA" i "Często zadawane pytania o genealogii genetycznej", to ze względu na rosnącą liczbę pytań, wydaje mi się, że temat zasługuje na osobny tekst.

Zanim zdecydujemy się na wybór testu, powinniśmy zadać sobie kilka pytań:

  1. Czego chcemy się dowiedzieć?
  2. Jakie techniczne kryteria powinien spełniać test genetyczny?
  3. Jakie możliwości oferuje baza danych?
  4. Czy cena odpowiada jakości produktu?
Z góry przepraszam, że tekst zawiera pewne specjalistyczne terminy - postarałem się ograniczyć je do niezbędnego minimum, niemniej jednak są one niezbędne, by sprawiedliwie ocenić sytuację polskiego rynku i ostrzec osoby zainteresowane zbadaniem DNA przed stratnym zakupem. Nie wymieniam w artykule polskich firm z nazw, dlatego że nie mogę niestety o nich wiele dobrego powiedzieć. 

Istnieją trzy główne rodzaje testu genetycznego - autosomalny DNA i chromosom X, chromosom Y, a także DNA mitochondrialny. Autosomalny DNA (badany np. Family Finderem) zawiera najwięcej informacji o naszych przodkach, gdyż dziedziczymy go po wszystkich prapradziadkach i wielu wcześniejszych pokoleniach (więcej na ten temat tutaj). Zbadanie chromosomu Y (np. Y-37) pozwala na prześledzenie wyłącznie bezpośredniej męskiej linii przodków i ustalenie męskiej haplogrupy (test może być wykonany tylko przez mężczyzn). DNA mitochondrialny zawiera informacje o naszej bezpośredniej żeńskiej linii przodków i zbadanie go pozwala na ustalenie mitochondrialnej haplogrupy (test może być wykonany przez każdą osobę bez względu na płeć). Więcej informacji na temat każdego z tych testów można znaleźć w poprzednich artykułach (np. "5 powodów by zbadać chromosom Y", "Po co badać mtDNA?", "Ile mam wspólnego DNA z danym krewnym?").

Żeby test był przydatny dla celów genealogicznych, musi spełniać pewne kryteria techniczne. Test badający DNA autosomalny i chromosom X powinien badać co najmniej pół miliona PPN-ów (polimorfizmów pojedynczego nukleotydu). Badanie chromosomu Y powinno najczęściej obejmować co najmniej 37 KPT-ów (ang. STR-ów). Ze względu na niewielkie rozmiary DNA mitochondrialnego, w tym wypadku powinniśmy zdecydować się na pełne sekwencjonowanie (całości mtDNA, a nie tylko hiperzmiennych regionów).

Już na tym etapie natrafiamy na dość poważne problemy w polskich firmach oferujących testy DNA. Jedna z firm oferuje "najdokładniejszy" test chromosomu Y za 1100 złotych (!). Bada on "20 loci" (a wiele firm bada jeszcze mniej - 17). Nie wiemy, jakie są to loci, nie wiemy, czy są to KPT-y, czy PPN-y (najprawdopodobniej KPT-y). Bez względu na to, jakie są to markery (jest to istotne, bo tempo mutacji poszczególnych markerów często różni się znacząco i nie wszystkie są powszechnie używane do celów genealogicznych), to dwadzieścia markerów dla celów genealogicznych to zdecydowanie za mało. Dla porównania Family Tree DNA oferuje nie dwadzieścia, a trzydzieści siedem markerów (Y37) i to za zdecydowanie niższą cenę (ok. 700 złotych). Podobnie przedstawia się sytuacja z DNA mitochondrialnym. Wiele firm oferuje zbadanie wyłącznie regionu kontrolnego lub hiperzmiennych regionów. Jedna z firm (związana z uczelnią) bada co prawda pełen genom mitochondrialny, ale za niebotyczną cenę prawie 3 000 złotych! Dla porównania FTDNA oferuje takie samo badanie (pełne sekwencjonowanie mtDNA) za przeszło trzy razy niższą cenę (ok. 800 złotych).

Nie znalazłem polskich firm oferujących testy badające autosomalny DNA. Z wyjątkiem firm, które obiecują dopasować dietę na podstawie analizy PPN-ów z kilku wybranych genów lub ustalić inne predyspozycje z równie wąskich badań (np. kilka mutacji). Tak jak w przypadku innych testów wyniki te są zupełnie nieprzydatne, a ceny wielokrotnie wyższe od tych oferowanych przez firmy zagraniczne. Niektóre firmy wymagają dodatkowo płatnego izolowania DNA z krwi (genealogiczne zestawy genetyczne wymagają pobrania albo śliny, albo potarcia wewnętrznej strony policzków, a izolowanie DNA jest wliczone w cenę). Warto pamiętać, że zagraniczne firmy oferują wysokiej jakości testy autosomalne za ok. 300 złotych (np. Family Finder).

Należy wspomnieć jeszcze o braku dostępu do jakiejkolwiek bazy genetycznej pozwalającej na nawiązanie kontaktu z genetycznymi krewnymi. Wykonując testy genetyczne bezpośrednio w wiodących firmach zagranicznych, odkryjemy co najmniej kilkuset krewnych. W rodzimych firmach, nie dość że zapłacimy więcej, otrzymamy często wyniki gorszej jakości, to do tego nie uzyskamy dostępu do żadnej bazy danych, która mogłaby nam pomóc w badaniach genealogicznych.

Wiele z tych firm jest w rzeczywistości firmami pośredniczącymi, które próbki DNA i tak wysyłają do zagranicznych laboratoriów (czyli płacimy podwójną marżę) lub skupują testy z renomowanych firm, by odsprzedać je za drożej. Część z nich prezentuje na swoich stronach wartości zupełnie sprzeczne z etyką genealogii genetycznej (np. zachęcanie do wysłania włosa, papierosa lub szczoteczki członków rodziny przy podejrzeniu o zdradę - dyskrecja gwarantowana!). To co łączy wszystkie te polskie firmy, to wygórowane ceny, które w firmach zagranicznych - nawet po doliczeniu kosztów przesyłki - są kilkukrotnie niższe. 

Doskonale rozumiem poczucie ekonomicznego patriotyzmu (tak moi wielkopolscy przodkowie walczyli z zaborcą), zdaję sobie także sprawę z chęci ograniczenia kosztów przesyłki. Biorąc jednak pod uwagę wszystkie kryteria istotne z genealogiczno-ekonomicznego punktu widzenia, nie tylko nie mogę polecić żadnej polskiej firmy, ale muszę przed nimi stanowczo ostrzec wszystkich Czytelników, którzy nie mieli jeszcze sposobności zająć się genealogią genetyczną praktycznie. Być może w przyszłości rzeczywistość polskiego rynku się zmieni, ale do odwołania proszę traktować ten artykuł jako odpowiedź na pytania dotyczące polskich firm sprzedających testy DNA. Wspierajmy te firmy, które rzeczywiście pomagają w poszukiwaniach genealogicznych i nie dajmy sobie sprzedać kota w worku.

Żeby zamówić sprawdzony genealogiczny test genetyczny i lepiej poznać rodzinną przeszłość, proszę kliknąć tutaj.
11 IV 2016 odbyła się w Chorzowie sesja poświęcona genealogii genetycznej zorganizowana przez Górnośląskie Towarzystwo Genealogiczne "Silius Radicum" i Muzeum "Etnograficzny Park w Chorzowie". Bardzo dziękuję za organizację tego spotkania wszystkim osobom w nią zaangażowane, w szczególności prezesowi GTG p. Damianowi Jureczce, p. Joannie Skowron-Szalich oraz dyrektorowi Muzeum p. Andrzejowi Sośnierzowi.

Było mi bardzo miło móc w niej uczestniczyć i opowiedzieć o genealogii genetycznej oraz ukrytych w naszych chromosomach tajemnicach przodków. Moja prezentacja dotyczyła sposobów wykorzystywania badań DNA do lepszego zrozumienia naszej rodzinnej przeszłości, teraźniejszości i przyszłości - m.in. potwierdzania i wykluczania pokrewieństwa, odtwarzania wyglądu przodków i interpretowania wyników zdrowotnych.

Bardzo ciekawie tematykę badań chromosomu Y dla celów genealogiczno-historycznych przedstawił dr Łukasz Lubicz Łapiński. Na przykładzie swojego rodu zobrazował, jak śledzenie mutacji na chromosomie Y może pomóc w odtworzeniu bezpośredniej linii męskiej, gdy zostały wykorzystane wszystkie dokumenty pisane. Dr Lubicz Łapiński opowiedział również o początkach najczęściej występujących w Polsce haplogrup.

Oba wykłady będą dostępne w sieci - gdy zostaną opublikowane, umieszczę w tym miejscu do nich odnośnik. Zdjęcie pochodzi ze strony GTG, na której znajduje się pełniejsza relacja fotograficzna. 

Mam nadzieję, że spotkanie przekonało do zbadania swojej genetycznej historii nie tylko genealogów, ale również obecnych na spotkaniu genetyków, historyków i archeologów. Korzystając z nadarzającej się sposobności, raz jeszcze zachęcam do zbadania DNA najstarszych członków rodziny i ocalenia naszej genetycznej przeszłości (test genealogiczno-genetyczny można zamówić tutaj) - nasze dzieci i wnuki mogą tej możliwości już nie mieć.
Czy jest możliwe, byś z własną babką miał 25% wspólnego DNA, a z bananem 50%? A z myszą 97,5%? Żeby zrozumieć, o jakich procentach jest mowa w genealogii genetycznej, należy przyjrzeć się PPN-om (ang. SNP-om - single nucleotide polymorphism), czyli polimorfizmom pojedynczego nukleotydu.

DNA wszystkich ludzi na Ziemi jest w ok. 99,5% jednakowy. Zaledwie (lub aż) pół procent decyduje o różnicach pomiędzy osobami mieszkającymi w oddalonych od siebie zakątkach świata.

W kontekście genealogii genetycznej twierdzenie, że nasz genom jest w ok. 25% identyczny z genomem babki odnosi się do tej części genomu, która nie jest taka sama u każdego człowieka. W skład tej zmiennej części DNA wchodzą PPN-y, dzięki którym możliwe jest wyszukiwanie genetycznych krewnych w bazach takich jak GEDmatch czy DNA Land.

Czym są PPN-y? Przyjrzyjmy się poniższemu fragmentowi DNA.

Kolorowe odcinki przedstawiają geny, które znajdują się na nici DNA. Czarną barwą zostały zaznaczone polimorfizmy pojedynczego nukleotydu. Obejrzyjmy z bliska jeden z PPN-ów na przykładzie sekwencji dwóch różnych osób.



Nasz kod DNA może być zapisany za pomocą czterech liter, które oznaczają poszczególne nukleotydy – A (adenina), T (tymina), G (guanina) i C (cytozyna). Widzimy, że siódmy nukleotyd nici DNA różni się pomiędzy dwiema osobami - pierwsza osoba ma w danym miejscu guaninę, druga adeninę. Jeśli przebadamy dużą grupę, (np. tysiąc osób) możemy zauważyć, że na tej pozycji 70% osób ma A, a 30% G. Mutacja ta jest PPN-em.

PPN-y mogą odpowiadać m.in. za wygląd (np. kolor oczu), charakter (np. skłonność do empatii) lub predyspozycje zdrowotne (np. ryzyko wystąpienia cukrzycy typu II) - a czasem nie mają żadnych zauważalnych skutków. Bardzo rzadko zdarza się, by o danej cesze decydowała tylko jedna mutacja, zazwyczaj więc na podstawie jednego PPN-u nie można wyciągnąć jednoznacznych wniosków. Opisy poszczególnych PPN-ów dostępne są na SNPedii (w języku angielskim).

Nie wszystkie mutacje są PPN-ami. Żeby mutacja została uznana za PPN, musi występować u dostrzegalnej części danej populacji (często za minimalną granicę przyjmuje się 1%). Każdy z nas ma bardzo rzadkie mutacje (<1%), które są czasami określane mianem „prywatnych mutacji”. Zazwyczaj oznacza to, że występowanie mutacji ograniczone jest do jednej genealogicznej rodziny (odkrycie prywatnych mutacji wymaga sekwencjonowania DNA).

Jakie jest genealogiczne znaczenie PPN-ów? Jeśli dwie osoby mają długi ciąg jednakowych PPN-ów (przynajmniej 700) i odcinek ma przynajmniej 7 cM, oznacza to, że najprawdopodobniej odziedziczyliśmy go po którymś z naszych wspólnych przodków. (Dlaczego nie zawsze tak jest? Odpowiedź w artykule "Co to jest fazowanie?").

Oczywiście im więcej zbadanych PPN-ów, tym więcej informacji możemy odkryć o naszym DNA i przodkach (i z większą pewnością stwierdzić pokrewieństwo z genetycznymi krewnymi). Spośród trzech głównych firm na rynku najwięcej PPN-ów autosomalnych bada Family Tree DNA (ok. 690 tys.). AncestryDNA bada ok. 683 tys., a 23andMe ok. 577 tys.

Obecnie autosomalne testy genealogiczno-genetyczne badają tylko niewielką część PPN-ów. Szacuje się, że ludzie mają 10 milionów PPN-ów. Oznacza to, że nasze wyniki zawierają mniej niż 10% wszystkich PPN-ów. Choć jest to kropla w morzu, to pozwala ona na skuteczne wykorzystanie DNA w celach genealogicznych za przystępną cenę. Dzięki tej niewielkiej cząstce DNA jesteśmy w stanie odkryć krewnych, do których nigdy byśmy nie dotarli starymi metodami.

Zastanawiasz się nad zbadaniem DNA kogoś z rodziny? Kliknij tutaj, by przeczytać o korzyściach wynikającach z takiego badania lub tutaj, by zamówić test.
DNA Land jest zupełnie nową (uruchomioną wczoraj) stroną internetową, która za darmo analizuje DNA pod kątem etniczno-genealogicznym. Pod tym względem przypomina nieco GEDmatch (co to GEDmatch?). Poza kwestiami genealogicznymi DNA Land umożliwia rozwój medycyny (przy pełnym zachowaniu prywatności). Miło jest wiedzieć, że przy okazji badania dziejów naszych praojców możemy wesprzeć rozwój medycyny.


Czym jest DNA Land?

DNA Land jest przedsięwzięciem nieczerpiącym żadnych zysków pieniężnych ze swojej działalności - jest wspierany przez instytucje, takie jak Uniwersytet Kolumbia w Nowym Jorku, Nowojorski Ośrodek Genomiczny czy Krajowa Koalicja Raka Piersi (której celem jest odkrycie do 2020 roku sposobu na pokonanie raka piersi). Głównym celem DNA Landu jest lepsze zrozumienie DNA (zarówno ze strony użytkowników strony, jak i ze strony genetyków, którzy interpretują zbiorcze wyniki DNA użytkowników).

Ponieważ DNA zawiera nie tylko informacje o naszych cechach, ale również o pochodzeniu - DNA Land jest świetnym narzędziem pomocnicznym dla genealogów genetycznych. DNA Land przyjmuje pliki z danymi DNA ze wszystkich trzech głównych firm na rynku - Family Tree DNA, Ancestry i 23andMe.


Korzyści genealogiczne

Podobnie jak w przypadku GEDmatchu mamy do dyspozycji wyszukiwarkę krewnych genetycznych (uczestnictwo w niej nie jest obowiązkowe, ale bez niego nie da rady prowadzić badań genealogiczno-genetycznych!). Przy każdym krewnym wyświetli się również rozkład prawdopodobieństwa, dzięki któremu będziemy mogli oszacować, jakie jest prawdopodobieństwo, że z danym krewnym łączy nas przewidziany stopień pokrewieństwa. Tego narzędzia nie oferuje żadna z głównych firm genealogiczno-genetycznych. DNA Land pozwala również na zobaczenie, czy dany odcinek DNA jest młody (istotny genealogicznie), czy starożytny ("ancient"), czyli nieświadczący o pokrewieństwie w niedalekiej przeszłości.

Możemy skorzystać również z narzędzia pokazującego pochodzenie etniczne. Jest to świetne uzupełnienie wyników testu z Family Tree DNA. DNA Land jest cały czas w wersji beta, ale możliwe jest, że w przyszłości pozwoli zobaczyć, które odcinki DNA należą do danej populacji (FTDNA przedstawia jedynie procenty). Poza tym FTDNA (tak samo jak Ancestry) nie ma kategorii "Inne" ("Other"), więc algorytm zawsze przyporządkuje niejednoznaczny DNA do którejś z populacji - często błędnie.


Korzyści zdrowotne

DNA Land (przynajmniej na razie) nie przedstawia użytkownikom raportów zdrowotnych. Wynika to zapewne z przeraźliwie ścisłej kontroli wszelkiej maści testów zdrowotnych w Stanach Zjednoczonych przez jedną z federalnych agencji - Administrację Lekarstw i Żywności (ang. FDA, Food and Drug Administration). To właśnie FDA "przysłużyło się" 23andMe - jedynej firmie badającej DNA dla celów genealogicznych, która do niedawna swoim klientom udostępniała zdrowotną intepretację wyników (od 2013 ze względu na nakaz FDA, informacje zdrowotne nie są przez 23andMe udostępniane). Na szczęście istnieją niezależne strony internetowe (np. SNPedia), dzięki którym można nadal uzyskać zawarte w DNA informacje na temat zdrowia.

Chociaż DNA Land nie tworzy raportów zdrowotnych dla użytkowników, to dzięki dołączeniu do bazy możemy się przyczynić do szybszego odkrycia lekarstw na wiele nieuleczalnych chorób, z którymi zmagać się mogli nasi bliżsi lub dalsi krewni. Po dołączeniu do DNA Landu będziemy mieli możliwość wypełnienia kwestionariusza z pytaniami dotyczącymi naszego zdrowia. Odpowiadanie na pytania nie jest obowiązkowe, ale dzięki tym danym genetycy są w stanie powiązać konkretne mutacje z patogenezą danej choroby. Za każdą odpowiedź otrzymujemy punkty, które pokazują nasz postęp.


Czy warto dołączyć do DNA Landu?

Ja do DNA Landu dołączyłem bez wahania. Nie wiążą się z tym żadne koszty, a utworzenie konta (łącznie z pobraniem i załadowaniem pliku z moim DNA) zajęło mi nie więcej niż pięć minut. Ponieważ baza jest jeszcze młodziutka, trudno w niej odkryć szczególnie bliskich krewnych, ale z każdym dniem szansa na genealogiczne odkrycie rośnie. Cieszę się również, że mój DNA może pomóc w lepszym zrozumieniu chorób o podłożu genetycznym - a wiem, że takie w mojej rodzinie występowały. DNA Land zapewnia prywatność użytkownikom - żadne dane osobiste, takie jak imię, nazwisko, dane kontaktowe czy plik DNA nie będą udostępnione. Jedyne co widzą naukowcy to zbiorcze wyniki (np. 25% osób u których zdiagnozowano chorobę A mają mutację B itd.).

Zachęcam do dołączenia do DNA Landu i życzę pomyślnych łowów genetycznych!

Aktualizacja: w listopadzie 2021 r. serwis DNA Land zakończył swoją działalność. Artykuł pozostawiony na blogu w celach informacyjnych.


Obsługiwane przez usługę Blogger.